Annet Mooij deed eindexamen Athenaeum B in Groningen en studeerde vervolgens psychologie in Groningen en Nijmegen. Na haar afstuderen was ze assistent in opleiding aan de Amsterdamse School voor Sociaal-wetenschappelijk Onderzoek.
In 1993 rondde ze haar onderzoek af met een promotie in de sociale wetenschappen aan de Universiteit van Amsterdam. (Promotoren: prof. dr. A. de Swaan en prof. dr. P. de Rooy). Nog datzelfde jaar trad ze toe tot de maatschap Diopter, een kleinschalig onderzoeksbureau opgericht door haar collega's Jan-Willem Gerritsen en Maarten van Bottenburg.
Tussen 1994 en 1998 was Annet Mooij vennoot van de maatschap Diopter. Sindsdien is ze directeur/eigenaar van Mooij Onderzoek en leeft ze van het schrijven van non-fictie boeken en andere teksten.
Tussen 2012 en 2015 was ze werkzaam als hoofdredacteur van het literaire en algemeen culturele tijdschrift De Gids.